Ter muitas mensagens pode dificulta sua comunicação com seus clientes além disso ela dificulta o carregamento global e fica mais suscetível a erros no carregamento de novas mensagens.
Na ferramenta > Mensagem > Mensagens não lidas você defini a partir de que data as mensagens serão apagadas.
Exemplo:
Todas as mensagens com mais de 90 dias
Todas as mensagens com mais de 365 dias
Todas as mensagens com mais de 7 dias
Fica a seu critério.
O processo é muito simples, defina a quantidade de dias que deseja manter as mensagens e depois o sistema passará a executar uma limpeza em todas elas. Utilize quantas vezes precisar, e sempre que precisar.